Thời kì đầu
Ngày 27 tháng mười một 1903 Wilhelm Hauschild viết một lá thư - ký bởi 170 công nhân của mình - gửi cho nhà máy của mình, nhà máy dược phẩm Bayer, để tìm kiếm hỗ trợ của công ty trong việc bắt đầu cho một câu lạc bộ thể dục thể thao. Công ty đã đồng ý hỗ trợ các sáng kiến, và vào ngày 1 tháng bảy năm 1904 đội thể thao Rẽ-und Spielverein Bayer Leverkusen được thành lập.
Ngày 31 tháng năm 1907 một bộ phận bóng đá riêng biệt được hình thành trong câu lạc bộ. Cuối cùng điều này đóng góp vào một phân chia trong câu lạc bộ: vào ngày 8 tháng sáu 1928 các cầu thủ thành lập một hiệp hội riêng - Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen - đó cũng bao gồm cả bóng ném, điền kinh, và đấm bốc. Bayer Leverkusen có màu áo truyền thống là sọc đen và đỏ còn thể dục dụng cụ là vàng và xanh.
Qua thời điểm này, và đến những năm 1930, Bayer Leverkusen chơi ở giải hạnh ba và tư.Vào năm 1936, họ lên chơi ở giải hạng hai.Đó cũng là năm đầu tiên họ mặc áo có dòng chữ Bayer ở trên áo. Họ có lần đầu tiên xuất hiện ở giải hạng hai là vào năm 1951, ở giải Oberliga phía Tây và chơi ở đó cho tới năm 1956 thì họ bị xuống hạng.Bayer Leverkusen không quay trở lại giải hạng hai cho tới năm 1962, trước khi hình thành ra giải chuyên nghiệp mới của Đức, giải Bundesliga. Mùa giải tiếp theo đó chứng kiến đội bóng thi đấu ở giải Regionalliga phía tây, giải hạng hai.
Giải hạng hai Bundesliga và giải hạng nhất Bundesliga
Bayer Leverkusen đã có bước đột phá vào năm 1968 khi họ vô địch giải hạng hai, không không thể vượt qua trận playoff để giành vé lên hạnh nhất.Họ lại bị xuống hạng vào năm 1973, nhưng nhanh chóng trở lại giải hạng hai chỉ sau một mùa giải ở giải hạng ba. Bốn năm sau, đội bóng đã có được một vị trí để bắt đầu chơi ở Bundesliga từ mùa giải 1979-80.
Vào khoảng giữa những năm 1980, Bayer Leverkusem đã leo lên nửa trên của bảng xếp hạng và đã gây ấn tượng tốt bằng việc về đích trong top 10.Trong thời gian đó, vào năm 1984, hai nửa của đội bóng đã kết hợp lại sau nửa thế kỉ bị chia rẽ và trở thành TSV Bayer Leverkusen e.V. Đội bóng mới có màu áo trắng và đỏ.
Đội bóng có được danh hiệu đầu tiên vào năm 1988 ở UEFA Cup với chiến thắng 3-0 trước Espanyol ở trận chung kết lượt về, sau khi đã bị đối phương dẫn trước bằng chính tỉ số đó ở trận lượt đi và giành chiến thắng 3-2 trên chấm penalty.
Bayarena
Cũng trong năm đó, người đã là chủ tịch của Bayer Leverkusen một thời gian dàu Reiner Calmund trở thành huấn luyện viên của đội bóng.Điều này là một trong những sự thay đổi lớn nhất trong lịch sử đội bóng, khi Calmund đã dẫn dắt đội bóng trong mười năm và là một nửa của những thành công của đội bóng.
Sau khi nước Đức thống nhất lại vào năm 1889, Reiner Calmund đã nhanh chóng kí hợp đồng với những ngôi sao của đông Đức như Ulf Kirsten, Andreas Thom và Jens Melzig .Ba cầu thủ này nhanh chóng được ưa thích, và đã có những đóng góp lớn cho đội bóng. Calmund cũng liên hệ với những cầu thủ người Brazil, kết bạn với Juan Figer, một trong số những tay cò tiếng tăm nhất Brazil. Trong những năm sau đó, đã có những ngôi sao, như Jorginho và Paulo Sérgio gia nhập đội bóng, cũng như ngôi sao người Séc Pavel Hapal. Họ cũng kí hợp đồng với những cầu thủ giỏi, chẳng hạn như Bernd Schuster và Rudi Völler, đảm bảo cho sự nổi tiếng của đội bóng và cho những thành công.
Đội bóng giành được danh hiệu tiếp theo vào năm 1993, với chiến thắng 1-0 trước hiện tượng là đội nghiệp dư của Hertha Berlin với.Ở mùa giải tiếp đó, trong một trận đấu có bàn thắng đẹp nhất mùa giải của Bernd Schuster (một bàn thắng sau đó cũng được gọi là "Bàn thắng của thập kỉ"), Bayer Leverkusen tiếp Eintracht Frankfurt ở đầu mùa giải, và ở trận đó Bayer đã mặc màu áo thứ 3, đó là bộ áo cũ với sọc đỏ và đen. (Bộ quần áo cũng giống với bộ của Frankfurt vào thời điểm đó). Điều này đã rất nổi tiếng với các cổ động viên bởi về sau, đội bóng đã trở về mặc màu đỏ và đen, màu áo đã sử dụng cho tất cả các trận đấu sân nhà kể từ sau đó.
Sau khủng hoảng vào năm 1996 khi câu lạc bộ phải đối mặt với trận chiến chống xuống hạng, Bayer Leverkusen đã phải chứng tỏ bởi một phản ứng mạnh mẽ, khi đã gây khó chịu cho các đối thủ với phong cách huấn luyện mới của Christoph Daum, người cũng đã được trợ giúp của việc ký hợp đồng với những cầu thủ như Lúcio, Emerson, Ze Roberto, và Michael Ballack. Daum sau này nổi tiếng với một scandal về cocaine đã khiến ông phải trả giá bằng việc không được lên làm huấn luyện viên đội tuyển quốc gia.
Những thất bại đáng tiếc
Đội bóng đã lọt vào top 4 từ năm 1997 cho tới 2002 bao gồm bốn lần về đích ở vị trí thứ nhì. Vào năm 2000, Bayer Leverkusen chỉ cần thêm một trận hoà trước Unterhaching để vô địch, nhưng cú phản lưới nhà của Ballack đã khiến họ bị thất bại 2-0 và Bayern Munich vô địch sau chiến thắng 3-1 trước Werder Bremen. Hai năm sau, đội bóng đã kém đội đứng đầu năm điểm bởi đã thua 2 trên 3 trận cuối mùa trong khi Borussia Dortmund lại thắng cả ba trận. Mùa giải 2002 đã được gán cho cái tên "Gấp ba lần sự khủng khiếp" khi Bayer tiếp tục thất bại trong trận chung kết Champions League khi thua Real Madrid 1-2. Chưa hết, đội bóng là đội đầu tiên vào đến chung kết cúp C1 và không vô địch giải quốc nội. Họ còn phải vượt qua vòng sơ loại thứ nhất để được tham dự UEFA Champions League năm đó.
Thành tích:
Bundesliga:
Về nhì (4): 1996–97, 1998–99, 1999–2000, 2001–02
Cúp quốc gia Đức:
Vô địch (1): 1992-93
Về nhì (2): 2001-02, 2008-09
UEFA Cup:
Vô địch (1): 1988
UEFA Champions League:
Về nhì (1): 2002
Hữu Hiệp (Tổng hợp)